核心中心的仪器复杂、昂贵，在很多情况下是奥古斯塔大学唯一的同类设备。电子显微镜核心设施和仪器的使用仅限于核心员工，以保护部门和机构对设施的投资，并确保核心可以为整个研究社区提供服务。
实验室配备了大多数生物标本制备和成像所需的仪器，用于扫描和透射电子显微镜的超微结构分析。当调查员的研究需要更专业的设备时，核心工作人员将试图找到拥有这些设备的设施。核心的主要设备包括：
JSM-IT500HR/LA扫描电子显微镜具有低真空和高真空两种工作模式，在30KV时分辨率为1.5nm，在1KV时分辨率为4nm。在低真空条件下，15KV时分辨率为1.8nm。放大倍率范围从30倍到60万倍。此外，扫描电镜还配备了一个能量色散微分析系统，配有珀尔帖冷却硅漂移检测器和用于x射线分析的EDS软件。该系统包括多点分析、图像捕获、高光谱测绘、线扫描、大面积蒙太奇、漂移校正、元素量化和报告的所有硬件和软件。
JEOL JEM-1400 Flash TEM在120KV加速电压下工作，并配备SerialEM功能，用于获取层析成像数据和3D重建。放大倍率范围从10倍到120万倍，分辨率为0.2nm。该显微镜还具有超广域蒙太奇系统，该系统允许捕获由单个小区域图像拼接而产生的超广域上的高像素分辨率图像。
JEOL JEM-1230 TEM工作电压为110KV，放大倍率为50倍至60万倍，110KV分辨率为0.2nm。在获得JEM-1400闪存之前，该显微镜是Core的工作马。两种显微镜的TEM图像最初以Gatan的数字显微图像格式保存，除了图像外，该格式还记录了用户选择的关于标本和显微镜操作条件的信息。这个大图像文件（65 MB）由Core永久保留，同时向Core用户提供全分辨率（2000像素/英寸）出版质量的JPEG （3 MB）或TIFF （20 MB）文件。
徕卡UC7超微切片机用于超薄切片树脂包埋标本的透射电子显微镜。徕卡超微切片机安装在一个特殊设计的外壳内的抗振动空气台上，配备了数码相机和远程监控系统，可以连续切片多达200个标本。串行切片图像通常用于创建3d结构。
EM FC7冷冻室是一种最先进的冷冻切片系统，连接到徕卡UC6或UC7超显微切片机。安装在EM FC7冷冻室中的样品允许在-15°C和-185°C之间的温度下制备超薄冷冻切片，然后可以将其放在标本网格上进行免疫电子显微镜检查。
采用临界点干燥机和溅射涂层机对扫描电镜样品和金属涂层进行脱水。
